Моделирование организационной структуры (ОС) основывается на результатах анализа существующей структуры, который проводится с применением множества методов (системный анализ, метод декомпозиции, метод сравнений, опытный метод и т.д.), совершенствование ОС происходит на основе анализа существующей структуры [1], в ходе которого выявляются недостатки и уязвимые места и на их основе формируются корректировки, после чего проводится организационное моделирование [2].

Системный анализ необходим для определения составляющих структуры, таких как цели, функции, методы управления трудовыми ресурсами и поток информации между отделами, что позволяет выявить типы связей составляющих между собой и внешней средой.

Самым распространенным методом моделирования [3] является методология структурного анализа и проектирования. Данная модель позволяет провести функциональное моделирование, анализ функций подразделений и связь между ними, а также отразить следующие системные характеристики: поступление информации; управление; обратная связь, определение исполнителей. Особенность в том, что рассматривается целый цикл действий [4]. Методология структурного анализа позволяет посмотреть цикл действий в порядке: задание поступает от одного подразделения другому, поступившее задание проходит обработку и ведется работа по его выполнению, выполненное задание сдается в форме отчета выполненных работ.